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Categoria: Biologia molecular

25jul

A sepse é um conjunto de manifestações graves resultante de uma infecção microbiana. Estas ocorrências são respostas excessivas que podem ter um foco infeccioso definido ou generalizado.

Em uma tentativa de combater e eliminar a infecção, o organismo provoca uma resposta por meio de inflamação e quando esta compromete o funcionamento de vários órgãos pode levar a falência de múltiplos órgãos.

É importante que as instituições de atendimento médico-hospitalar tenham protocolos de atendimento a pacientes com suspeita de sepse, pois o tratamento precoce pode resultar na melhora da evolução do caso. A conduta adequada aumenta a sobrevida do paciente, uma vez que a taxa de mortalidade aumenta a cada hora de tratamento inadequado.

Diagnosticar rapidamente o patógeno e seus possíveis genes de resistência por meio de painel molecular é um excelente método para apoiar os profissionais de saúde na conduta adequada. Um diagnóstico preciso tem impacto direto no tratamento, reduzindo a mortalidade, minimizando a toxicidade dos medicamentos, diminuindo os custos com antibióticos e encurtando o tempo de internação.

Assim, o Painel FilmArray® Blood Culture Identification (BCID) é uma tecnologia avançada de diagnóstico que utiliza a reação em cadeia da polimerase (PCR) para realizar a detecção rápida, automatizada e precisa de patógenos e genes de resistência a antibióticos associados com infecções da corrente sanguínea a partir de uma garrafa de hemocultura positiva.

O laboratório São Paulo oferece este painel Filmarray®, código PFILSP, para diagnóstico de agentes causadores de sepse aos seus clientes com o compromisso de diagnóstico preciso e rápido.

O Painel FilmArray PFILSP apresenta 43 alvos para:

Bactérias – Gram + : Enterococcus faecalis, Enterococcus faecium, Listeria monocytogenes, Staphylococcus spp., Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Staphylococcus lugdunensis, Streptococcus spp., Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae e Streptococcus pyogenes;

Bactérias – Gram – : Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complexo, Bacteroide fragilis, Enterobacterales, Escherichia coli, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Proteus spp., Serratia marcescens, Haemophilus influenzae, Neisseria meningitidis, Pseudomonas aeruginosa e Stenotrophomonas maltophilia;

Leveduras: Candida albicans, Candida auris, Candida glabrata, Candida krusei, Candida parapsilosis, Candida tropicalis e Cryptococcus (C. neoformans / C. gatti);

Resistência a antibióticos: IMP, KPC, OXA – 48 – like, NDM, VIM, mcr-1, CTX-M, mecA – methicillin resistance, MRSA e vanA/B – vancomycin resistance

O resultado do painel de sepse é liberado em até 2 horas após entrada da amostra no setor de Biologia Molecular.

As formas de pagamento podem ser negociadas junto ao setor comercial pelo telefone (31) 2126-0145.

28jun

A pneumonia é uma doença respiratória que geralmente, está relacionada a uma infecção microbiana e o diagnóstico influencia diretamente na conduta clínica.

O Painel BIOFIRE® FILMARRAY® Pneumonia permite uma análise automatizada confiável e rápida de bactérias e vírus que causam pneumonia, bem como 7 marcadores genéticos de resistência antimicrobiana, cabapenemases (IMP, KPC, NDM, OXA-48, VIM) ESBL (CTX-M) e resistência à meticilina (mecA/C e MREJ).

A detecção de material genético de bactérias típicas: Complexo Acinetobacter calcoaceticus-baumannii, Complexo Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Haemophilus influenza, Klebsiella aerogenes, Klebsiella oxytoca, Klebsiella pneumoniae, Moraxella catarrhalis, Proteus spp., Pseudomonas aeruginosa, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, Streptococcus agallactiae, Streptococcus penumoniae e Streptococcus pyogenes, de bactérias atípicas Chlamydia pneumoniae, Legionella pneumophila, e Mycoplasma pneumoniae assim como vírus respiratórios Adenovírus, Coronavírus, Metapneumovirus, Parainfluenza, Rhinovirus/enterovirus, Influenza A, Influenza B e Vírus sincicial respiratório pode ser realizada em amostras de lavado, aspirado broncoalveolar e escarro.

O laboratório São Paulo, iniciou uma parceria com a Biomerieux para oferecer alguns painéis Filmarray® aos seus clientes com o compromisso de diagnóstico preciso e rápido. Os planos de saúde ainda não cobrem esse exame, entretanto o ganho em redução do tempo de internação, e o uso de antimicrobianos direcionados trazem benefício ao paciente sendo estes fatores importante na decisão de utilizar esse método..

As formas de pagamento podem ser negociadas junto ao setor comercial do pelo telefone 2126-0145.

15mar

Teste que ganhou destaque durante pandemia de covid-19 tem resultado rápido e com alta sensibilidade

A Biologia Molecular no diagnóstico clínico teve a sua maior divulgação com a pandemia da covid-19. Isso porque o principal exame de detecção do coronavírus durante a fase infecciosa é feito por meio da RT-PCR, que utiliza esse método para confirmar a presença do material genético do vírus nas vias respiratórias.

Contudo, a Biologia Molecular não está restrita ao teste da covid-19. Este é apenas um dos vários exames que podem utilizar essa metodologia. Com o crescimento dos diagnósticos por meio de Biologia Molecular, o Laboratório São Paulo estruturou um setor somente para essa área.

QUAL É A METODOLOGIA DOS TESTES DE BIOLOGIA MOLECULAR?

A metodologia desses testes consiste na busca de material genético do agente causador da infecção.

Os exames feitos pela Biologia Molecular conseguem identificar o material genético de vírus, bactérias e fungos em diferentes amostras coletadas (sangue, saliva, secreção, tecido, sorologia, entre outros) ou ainda podem ser utilizados para monitorar ou diagnosticar diferentes neoplasias.

QUAIS SÃO AS VANTAGENS DOS EXAMES FEITOS PELA BIOLOGIA MOLECULAR?

Entre as vantagens desses testes é possível ressaltar a sensibilidade de detecção e a versatilidade das amostras que podem ser utilizadas no diagnóstico. Muitos testes moleculares apresentam resultados mais específicos, precisos e mais rápidos em relação às técnicas convencionais, utilizadas no dia a dia dos laboratórios.

Tuberculose, meningites, pneumonias, ISTs e vírus da influenza são apenas algumas das várias doenças que podem ser detectadas e quantificadas com resultados ágeis e confiáveis por meio de exames de Biologia Molecular.

PALAVRA DE ESPECIALISTA

A coordenadora de Microbiologia do Laboratório São Paulo, Iara Furtado Santiago, afirma que ainda há um desconhecimento das possibilidades da utilização dos testes moleculares no diagnóstico. Ainda assim, segundo ela, as vantagens dessa metodologia são diversas.

“Em um só exame, é possível detectar ou excluir mais de um agente infeccioso dependendo do kit utilizado pelo laboratório. O Painel Respiratório é um exemplo. Em apenas um exame, é possível verificar se a pessoa está infectada e qual é o agente da infecção respiratória, o que é importante para definir com precisão o tipo de tratamento mais adequado. Temos dois tipos de exames de Painel Respiratório, e um deles pesquisa até 24 tipos de agentes infecciosos, sendo vírus e bactérias”, acrescenta ela.

QUAIS EXAMES UTILIZAM A TÉCNICA DE BIOLOGIA MOLECULAR?

Além do Painel Respiratório, a coordenadora da Microbiologia do Laboratório São Paulo também cita alguns outros exames importantes na infectologia que utilizam a técnica de Biologia Molecular. Dentre eles estão:

  • Citomegalovírus;
  • Neisseria;
  • Chlamydia;
  • HPV;
  • HIV;
  • Mycobacterium;
  • Painel de meningite bacteriana;
  • Painel de meningite viral;
  • Painel de sepse;
  • E, mais recentemente, varíola dos macacos (Monkeypox).

Iara Santiago acredita que as solicitações e o desenvolvimento dos exames de Biologia Molecular devem crescer. Ela afirma que a era da covid-19 trouxe uma divulgação e um conhecimento maior da técnica, que antes ficava muito restrita às pesquisas e a alguns exames específicos. Agora, a técnica de Biologia Molecular faz parte da rotina clínica. “O que ocorreu foi que a tecnologia, os equipamentos e os insumos também ficaram acessíveis, o que facilitou a implantação da Biologia Molecular nos laboratórios de análise clínica”, finaliza Iara. FAÇA SEUS EXAMES NO LABORATÓRIO SÃO PAULO! Seja qual for a metodologia, aqui você tem resultados ágeis, confiáveis e o melhor atendimento.

12mar

COVID-19, INFLUENZA, VSR OU OUTROS PATOGENOS REPIRATÓRIOS? A COORDENADORA DE CIÊNCIA, INOVAÇÃO E TECNOLOGIA DO LABORATÓRIO SÃO PAULO EXPLICA A IMPORTÂNCIA DO DIAGNÓSTICO PRECISO

No cenário atual, em que há muitas doenças respiratórias causadas pelos mais diversos microrganismos, diagnosticá-los se torna um desafio. Muitas vezes, os sintomas se confundem, como os de Covid-19, Influenza, Vírus Sincicial Respiratório (VSR) e outros patógenos que causam infecções respiratórias.

Mas, apesar dos sintomas parecidos, essas doenças exigem cuidados diferentes. Para obter o tratamento adequado, evitar o uso desnecessário de antibióticos e isolar pacientes com casos mais graves, o diagnóstico correto é essencial. Nesse caso, os exames mais indicados são os Painéis de patógenos respiratórios que detectam 4 vírus ou 24 tipos de microrganismos (dentre bactérias e vírus).

VANTAGENS DOS PAINEIS

A coordenadora de Ciência, Inovação e Tecnologia do Laboratório São Paulo, Cláudia Assunção, explica que o Painel Viral e o painel de 24 patógenos respiratórios são testes de diagnóstico in vitro realizado por meio da PCR (Reação em Cadeia da Polimerase) em tempo real para a detecção qualitativa e diferencial dos patógenos.

O resultado fica disponível em até duas horas quando solicitado o painel com 4 vírus e até vinte quatro horas ou 1 dia útil para o painel de 24 patógenos, PV24, após a chegada do material na área técnica, permitindo manejo rápido e seguro dos pacientes que precisam ser isolados.

UM EXAME, VÁRIOS DIAGNÓSTICOS

Os painéis de patógenos respiratórios são capazes de detectar agentes infecciosos sendo vírus e/ou bactérias em uma única coleta.

Cláudia Assunção lembra que, com a pandemia da Covid-19, é fundamental diagnosticar corretamente os agentes da síndrome respiratória para que sejam tomadas as condutas clínicas adequadas em função do patógeno. “O teste rápido para influenza A (H1N1) e B também detecta esses vírus rapidamente, evitando que pacientes com essas doenças sejam colocados em alas conjuntas de pacientes com suspeita ou confirmados para covid-19. Os testes apresentam excelente grau de sensibilidade e especificidade”, revela ela.

QUANDO FAZER?

Os painéis de patógenos respiratórios devem ser realizados entre o terceiro e o décimo dia de sintomas. Pessoas assintomáticas que tiveram contato com pessoas contaminadas e queiram sanar a dúvida de uma possível infecção também podem recorrer a esses painéis.

Segundo Cláudia Assunção, “os testes apresentam excelente grau de sensibilidade, tendo sua aplicação tanto para casos sintomáticos, como assintomáticos”.

PAINEL DE 4 VÍRUS

O painel viral detecta 4 importantes vírus respiratórios: Covid-19, influenza A e B e vírus sincicial respiratório.

A influenza é uma infecção aguda causada pelo vírus influenza A, B, C ou D e possui grande potencial de transmissão. Dos quatro tipos de vírus, o A e B são responsáveis pelas epidemias sazonais. No entanto, o Influenza A é o responsável pelas grandes pandemias e leva a altas taxas de hospitalizações entre crianças e idosos.

Já o Vírus Sincicial Respiratório (VSR) é responsável por quadros de infecção aguda do trato respiratório, principalmente em recém-nascidos e crianças de até dois anos, podendo infectar também indivíduos de outras idades. Estima-se que o VSR seja a causa de até 75% das bronquiolites e de 40% das pneumonias em períodos de sazonalidade.

PAINEL DE 24 PATÓGENOS

O painel respiratório detecta 24 patógenos entre vírus e bactérias e pode ser realizado a critério médico. Os patógenos detectados pelo painel são: vírus Influenza A (FLuA), vírus Influenza A – subtipo H3 (FluA-H3), vírus Influenza A – subtipo H1N1 (FluA-H1N1), vírus Influenza B (FluB), Adenovírus1 (AdV), Bocavírus (BoV), Coronavírus 229E (CoV-229E), Coronavírus HKU-1 (CoV-HKU1), Coronavírus OC43 (CoV-OC43), Coronavírus NL63 (CoV-NL63), Coronavírus SARS (SARS)2, Coronavírus SARS-CoV-2 (CoV-2)3, Enterovírus4 (EV), Metapneumovírus (MPV), vírus Parainfluenza 1 (PIV-1), vírus Parainfluenza 2 (PIV-2), vírus Parainfluenza 3 (PIV-3), vírus Parainfluenza 4 (PIV-4), vírus Sincicial Respiratório – subtipo A (RSV-A), vírus Sincicial Respiratório – subtipo B (RSV-B), Rinovírus (RhV), Bordetella pertussis (BP), Bordetella parapertussis (BPP) e Mycoplasma pneumoniae.

O PV24 é completo permitindo a diferenciação dos patógenos conduzindo a um tratamento direcionado e personalizado. A infecção pelos vírus e bactérias listados tendem a ser mais graves em pacientes idosos, crianças nos primeiros anos de vida, crianças pequenas e em pacientes imunocomprometidos, em alguns casos podem causar pneumonia e bronquiolite. Além da quantidade de patógenos detectados o diferencial deste teste é que o resultado fica disponível em 1 dia útil, permitindo assim um manejo rápido dos pacientes.

“Esses testes têm boa aplicação durante os períodos de elevação de casos de síndromes respiratórias. E, por se tratar de infecções presentes em extremos de idades (crianças e idosos), o teste pode auxiliar na definição de conduta clínica.

FAÇA SEUS EXAMES NO LABORATÓRIO SÃO PAULO

O exame Painel Viral Respiratório com 4 patógenos e o Painel de 24 patógenos estão disponíveis no Laboratório São Paulo. Com uma única coleta, você tem o resultado em até 2 horas e em até 1 dia útil no caso do PV24. E o melhor: se preferir, vamos até você para fazer a coleta no conforto da sua casa.

OPARA INFORMAÇÕES SOBRE O ATENDIMENTO EM DOMICÍLIO E AGENDAMENTOS, ENTRE EM CONTATO!
(31) 2126-0100

laboratoriosaopaulobh.com.br

12mar

JPCR CMV citomegalovírus quantitativo

O Citomegalovírus (CMV), membro da família de Herpes vírus humano, é um patógeno com genoma linear de dupla fita que pode infectar vários tipos de células e, portanto, responsável por uma infinidade de complicações clínicas.

Dependendo do tecido e do estado imunológico do paciente, o CMV pode causar infecção de três formas diferentes: infecção aguda com alta replicação e grande quantidade de vírus, infecção persistente com baixos níveis de replicação e infecção latente na qual a replicação viral está estagnada.

O mecanismo da reativação do vírus é ainda desconhecido assim, o CMV é um dos patógenos mais oportunistas, que acomete principalmente pacientes transplantados sendo uma importante causa de morbidade e mortalidade.

A PCR para CMV quantitativo

O exame realiza a detecção pela PCR em Tempo Real, através de sondas e primers específicos. O DNA do CMV é extraído das amostras e é amplificado pela PCR.

O resultado ou produto da amplificação é detectado por meio de uma sonda específica, um fragmento do DNA que existe apenas no CMV, marcada com corante fluorescente. O produto é quantificado por meio da comparação com a curva padrão gerada, possibilitando a determinação da carga viral. O exame conta com um controle Interno que funciona como validador da extração/amplificação para cada amostra.

O limite de detecção é a menor quantidade de cópias do alvo que pode ser detectada pelo exame com uma probabilidade de 95%. O limite de quantificação foi determinado através da medição da linearidade, a faixa dinâmica e a reprodutibilidade. Os limites da faixa dinâmica são os limites mínimo e máximo da quantificação. Os limites de detecção e quantificação, do exame são:

– Limite de detecção   0,57 cópias/μL, ou seja, o kit consegue amplificar amostras que contenham 1 única cópia do DNA viral, permitindo a sua quantificação.

– Limite máximo de quantificação     200.000 cópias/μL (2×105 cópias/μL)
– Limite mínimo de quantificação      1 cópia/μL

O que é e como funciona a curva padrão?

O kit para PCR de CMV, vem com 1 amostra, chamada de padrão, que contém 60.000 cópias do DNA do vírus, ou seja, uma amostra conhecida. Esse padrão é então diluído para chegar nas concentrações 6.000, 600, 60, e 6 cópias. Durante a amplificação do padrão que ocorre juntamente com as amostras dos pacientes há a geração de uma curva padrão. Uma vez que a diluição é seriada e o fator de diluição é 1:10 para cada ponto, os pontos na curva-padrão devem ser dispostos linearmente.

O ciclo em que cada amostra iniciou a amplificação indica a quantidade de material viral existente, ou seja, quanto mais DNA viral presente na amostra, menor o número de ciclos necessários para iniciar a amplificação. E quanto menor a quantidade de DNA do vírus presente na amostra, maior a quantidade de ciclos necessários para iniciar a amplificação. O threshold é utilizado para indicar o início da amplificação do DNA viral e serve para quantificar o material existente inicialmente na amostra.

Com o resultado da quantificação é possível avaliar em qual estágio está a infecção:


Com o resultado da quantificação é possível avaliar em qual estágio está a infecção:

Infecção aguda – com alta replicação e grande quantidade de vírus/DNA viral;

Infecção persistente – com baixos níveis de replicação, pouco DNA detectado;

Infecção latente – a replicação viral está estagnada, ou seja, a quantidade de DNA nas amostras não aumenta.

Há alguns fatores que podem interferir no exame gerando falsos resultados:

– Amostras colhidas em tubos com anticoagulante incorreto;

– Amostras de pacientes que utilizam heparina

– Amostras hemolisadas e/ou lipêmicas

– Amostras com resíduos de fibrinas.

O resultado das amostras é liberado nas Segundas, Quartas e Sextas.

12mar

A tipagem do HLA, identificação molecular dos genes do sistema HLA do indivíduo, se dá através de exames de média e alta resolução. Os genes do sistema HLA coordenam a produção das proteínas de membrana HLA, estas são essenciais para a regulação do sistema imunológico adaptativo.

Há vários grupos de genes HLA: A*, B*, C* (classe I), DQ*, DR* (classe II), e outros. Esses genes, estão presentes em todas as células nucleadas humanas e participam da identificação e resposta imunológica a substâncias estranhas ao organismo, ou seja, aos antígenos.

Cada indivíduo apresentam um sistema polimórfico complexo e único, fazendo com que os tecidos e orgãos contenham genes e proteínas HLA diferentes daqueles encontrados em outra pessoa, apenas gêmeos univitelinos possuem genes e proteínas iguais.

Quando uma pessoa precisa receber um órgão por meio de um transplante é necessário que esses genes e proteínas sejam o mais semelhantes possível, ou seja, histocompatibilidade – compatibilidade entre os tecidos, para que o transplante tenha mais sucesso e não haja rejeição e perda do órgão.

A avaliação do grau de histocompatibilidade entre duas pessoas, compreende a análise genética molecular dos genes HLA (também chamada de tipagem HLA), o resultado de ambas as pessoas é comparado e assim definido o grau de histocompatibilidade, que quanto maior melhor.

O exame define o gene (A, B, C, DQ, DP ou DR, ou um grupo desses) seguido de um asterisco e o número que representa o grupo de alelos, em seguida dois pontos (:) e os números que representam a proteína específica, quando apresenta alta resolução.

O resultado de doador e receptor de transplante são comparados avaliando se são semelhantes e o quanto são semelhantes. O sequenciamento é o padrão ouro com o qual é possível atingir o máximo de informações.

A tipagem HLA pode ter baixa/média resolução: Quando identifica o grupo de gene(s) que pertence(m) a classe I – HLA: A* ou  B*ou  C*, ou genes da classe II – DQ*ou DR ou DP*, identificando ainda o grupo alélico.  Exemplo: HLA-A*02

A tipagem HLA pode ter alta resolução: Quando se identifica(m) o(s) alelo(s) do(s) gene(s), ou seja, A*02:01, DRB1*01:03, DQA1*01:02.

O exame pode compreender um gene apenas, um grupo, ou vários genes HLA. Outros números podem ser adicionados para indicar outras particularidades de cada análise gênica.

Exemplo de resultado:  HLA-A*02:101:01:02N


HLA       prefixo

A           gene

*           separador

02       grupo alélico

:           separador de campo

101         proteína HLA específica

01     indica substituição que não altera o aminoácido

02       indica diferenças em regiões que não geram proteína(não-codificante)


N    sufixo usado para denotar mudanças na expressão

Há nomenclaturas internacionais utilizadas que podem se visualizadas em https://hla.alleles.org/nomenclature/naming.html

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